Kolagen lahko razgradijo posebne proteaze, torej biorazgradljiv. Ker ima kolagen tesno in trdno spiralno strukturo, lahko večina proteaz odreže le njegove stranske verige. Le specifične proteaze, kot sta kolagenaza in elastaza, lahko pod določenimi pogoji razgradijo kolagen in prekinejo kolagenske peptidne vezi. Ko se peptidna vez kolagena prekine, se njegova vijačna struktura uniči in popolnoma hidrolizira v majhne molekularne polipeptide ali aminokisline. Majhne molekularne snovi lahko vstopijo v krvni obtok in jih telo ponovno uporabi ali presnovi. Biorazgradljivost je osnova za uporabo kolagena kot materiala za presaditev organov.
