Kislinska ekstrakcija je uporaba določene koncentracije kislinske raztopine za ekstrakcijo kolagena pod določenimi pogoji, predvsem z uporabo kislih pogojev z nizko koncentracijo ionov za uničenje medmolekularnih solnih vezi in Schiffovih baz ter povzroči nabrekanje in raztapljanje vlaken. Kolagen, ekstrahiran s kislinsko metodo, je običajno kolagen, topen v kislini. Metoda raztapljanja s kislino lahko raztopi molekule kolagena brez navzkrižnega povezovanja in lahko tudi raztopi kolagenska vlakna, ki vsebujejo aldiminske navzkrižne vezi, in jih nato sprosti v topilo. Kislinska metoda je razmeroma pogosta in učinkovita metoda za pridobivanje kolagena. Kolagen, ekstrahiran z nizkotemperaturno kislinsko metodo, v največji meri ohranja svojo strukturo trojne vijačnice in je primeren za pripravo medicinsko bioloških materialov in surovin. Običajna praksa je, da predhodno obdelani kostni moki dodamo ustrezno koncentracijo raztopine kisline v skladu z določenim razmerjem med materialom in tekočino ter mešamo in ekstrahiramo pri 0-25 stopinjah za določen čas. Pri uporabi kislinske metode za ekstrakcijo kolagena je treba upoštevati, da temperatura ekstrakcije ne sme biti previsoka, da preprečimo uničenje biološke aktivnosti kolagena. Po vzorčenju in predobdelavi smo homogenat ekstrahirali s kislino pri nizki temperaturi in centrifugirali, da smo dobili v kislini topen kolagen (ASC). Kisline, ki se uporabljajo kot topila, vključujejo predvsem klorovodikovo kislino, fosforno kislino, mravljinčno kislino, ocetno kislino, jabolčno kislino, citronsko kislino itd., vendar se večina študij osredotoča na ekstrakcijo ocetne kisline. Na primer, Maria Sadowska et al. uporabili 0.5mol/L citronske kisline za ekstrakcijo kolagena pri beljakovinah pri sobni temperaturi, je njena stopnja ekstrakcije nekoliko nižja kot pri ekstrakciji z ocetno kislino. Citronska kislina se pogosto uporablja pri pridobivanju kolagena v prehrambeni industriji, ker ne proizvaja barve in vonja.
Med obdelavo s kislino je reakcija močna, hidroliza je končana in mešanica aminokislin se večinoma ustvari. Pri uporabi kislinske ekstrakcije lahko glede na koncentracijo kisline, temperaturo hidrolize, čas hidrolize in druge pogoje dobimo hidrolizat kolagena z neenakomerno molekulsko maso. Vendar se bo triptofan uničil, serin in tirozin bosta delno uničena, oprema pa bo med popolno hidrolizo zmerne koncentracije kisline močno razjedena. Zato je treba za biomedicinsko raztapljanje kolagena s kislinsko metodo natančno nadzorovati kislost, temperaturo, čas in druge vplivne dejavnike. Zaradi različnih pomanjkljivosti se kislinska metoda redko uporablja samostojno in se praviloma kombinira z encimsko metodo. Na primer, z uporabo svinjske kože kot surovine se kolagen ekstrahira s sinergijo citronske kisline (pH 8,6) in pepsina. Tretirani prašičji koži za nekaj časa dodajajte 0.05mol/L raztopine citronske kisline (pH 2.5-3), ki vsebuje pepsin, in nato solite z NaCl, končno stopnjo ekstrakcije je 12,35 odstotka, izvleček pa ohranja nedotaknjene tri niti spiralne strukture kolagena tipa I. Drugi so kot surovino uporabili piščančji prsni hrustanec, ki so ga večkrat prebavili s pepsinom pod pogojem 0,5 mol/l ocetne kisline, centrifugirali pri 4 stopinjah in 20000 r 20 minut in na koncu uporabili DEAE-Sephadex A-50 za ionsko izmenjavo kromatografijo, nato dializirali in nato izsolili z NaCl in na koncu dobili prečiščen kolagen tipa II.
